Националният археологически институт с музей при БАН работи върху цялостното изследване на материалната и духовната култура на племената и народите, населявали днешните български земи от най-дълбока древност до ХVІІІ в. НАИМ-БАН е национален център и координатор на всички теренни археологически проучвания на територията на България и осъществява научен и методически контрол над тях. Археологическият музей е най-големият в България и със своите експозиции е един от най-важните центрове в страната за популяризиране миналото на днешните български земи. Със своя научен и музеен потенциал НАИМ-БАН е най-голямата научно-изследователска институция за археология в Югоизточна Европа. В настоящия си вид НАИМ-БАН функционира от 1949 г. и се явява продължител на дейността и правоприемник на Отдела за ценности към създадената през 1878-1879 г. библиотека в София, преобразуван в 1892 г. в Народен музей, и Българския археологически институт, образуван през 1921 г. като първи научен институт в България.

Предвид спецификата на изследваната проблематика, Националният археологически институт с музей – БАН включва следните научни структурни звена: пет хронологически и тематично профилирани секции (Секция за праистория; Секция за тракийска археология; Секция за антична археология; Секция за средновековна археология; Секция за нумизматика и епиграфика), една проблемна група (Проблемна група за интердисциплинарни изследвания), два Филиала за проучване на древните български столици (в Шумен и във Велико Търново) и Археологически музей. С оглед оптимизация на дейността, през 2003 г. в Археологическия музей беше осъществена структурна промяна, в резултат на което бяха обособени два отдела: Експозиции и Фондове. Научно-изследователската дейност, административно-стопанските и финансовите въпроси в НАИМ-БАН се обслужват от няколко специализирани звена (Редакционно-издателска група; Научен архив; Счетоводство; Канцелария и деловодство). Директор на НАИМ-БАН е доц. д-р Людмил Вагалински, заместник-директори – доц. д-р Бони Петрунова и доц. д-р Мария Рехо, научен секретар – доц. д-р Мария Гюрова.

Научният състав на НАИМ-БАН към момента възлиза на 67 души, а разпределението му по степени и звания е както следва: “доктор на историческите науки” - 8; “доктор” - 59; ст.н.с. I ст. - 7; ст.н.с. II ст. - 38; н.с. I ст. - 13; н.с. II ст. - 6; н.с. III ст. - 2.

Разностранните дейности на НАИМ-БАН се осъществяват в тясно сътрудничество и взаимодействие с музеите в страната, държавни институции (Министерство на културата, Министерство на образованието и науката, НИПК), регионални и местни органи на изпълнителната власт и различни неправителствени организации.

Научната дейност на учените и специалистите от НАИМ-БАН през 2004 г. се осъществява в рамките на редица проекти с национално и международно финансиране. Проектите с национално финансиране са 27, 21 от които на бюджетна субсидия от БАН, а останалите – на базата на договори с Националния фонд за научни изследвания (3), Националната енергийна компания (1), Изпълнителна агенция “Пътища” (1) и Български държавни железници (1). Международното научно сътрудничество включва изпълнение на проекти по договори и спогодби на ниво Академия (9) и на ниво Институт (9).

Теренната работа на учените и специалистите от НАИМ-БАН през 2004 г. включва планирани, спасителни и аварийни археологически разкопки и теренни обхождания и се осъществява на повече от 100 археологически обекта, чиято хронологическа атрибуция обхваща времето от ранния палеолит до късната османска епоха.

Научният състав на НАИМ-БАН по традиция регистрира годишно между 100 и 150 участия с доклади в международни, национални и регионални научни форуми в България и чужбина.

Публикационната дейност на учените и специалистите от НАИМ-БАН през 2004 г. включва общо 415 заглавия във вид на самостоятелно отпечатани монографии или студии, статии и рецензии в авторитетни научни издания у нас и в чужбина. НАИМ-БАН е издател на 14 периодични издания и поредици, от които само едно (списание “Археология”) се публикува с частична финансова субсидия от БАН.

Научната колегия на НАИМ-БАН редовно участва в подготовката на специалисти. През 2004 г. 38 учени и специалисти от НАИМ-БАН водиха 83 лекционни курса, 10 учебни проекта и един семинарен курс в 5 висши учебни заведения, с общ хорариум повече от 3000 часа. В края на 2004 г. в НАИМ-БАН имаше 5 редовни докторанта.

Научно-приложната дейност на НАИМ-БАН се изразява предимно в разнообразни изяви, свързани със спецификата на функциониране на Археологическия музей – инвентаризация на музейните фондове, инвентиране на новопостъпили материали, подготовка и представяне на постоянни и временни експозиции, реставрация, консервация и фотодокументиране, осъвременяване на музейните описи. Освен това, специалисти от различни секции на НАИМ-БАН традиционно участват като автори, съавтори, консултанти и рецензенти в разработката на нови тематико-експозиционни планове за нуждите на музеите в страната.

Научно-популяризаторската дейност на колектива на НАИМ-БАН включва авторски разработки на сценарии за научно-популярни и документални филми, участия в тематични телевизионни и радиопредавания и рубрики, многобройни интервюта за централната, регионалната и местна преса и електронни медии.