Секцията за праистория е формирана в началото на 50-те години на ХХ в. след сливането на института и музея в състава на БАН и едновременно с другите две най-ранни секции в Археологическия институт – за средновековие и за античност. Първият завеждащ секция е проф. Васил Миков. От 1965 до 1982 г. ръководител на Секцията е проф. Георги И. Георгиев, изтъкнат специалист с европейска известност в областта на късната праистория. От 1982 до 1989 г. завеждащ Секцията за праистория е ст. н.с. Румен Катинчаров, специалист в областта на бронзовата епоха.

През следващите 10 години Секцията за праистория е ръководена от проф. д.и.н. Васил Николов, специалист в областта на неолита и халколита в Югоизточна Европа (1989-1999). Ст. н.с. д-р Иван Гацов, специалист в областта на кремъчната индустрия през късната праистория на Балканите, завежда секцията за кратко време (1999-2000), след което ръководната длъжност е заета от ст. н.с. д-р Николай Сираков, специалист в областта на палеолита на Балканите (2000-2003). В момента ръководител на Секцията за праистория е ст. н.с. д-р Мария Гюрова, специалист в областта на трасологията на кремъчните артефакти от късната праистория.

В Секцията се решават основни организационни въпроси. Най-важната й функция е научното разискване и приемане на научни трудове, зачисляване на докторанти и разглеждане на докторски дисертации, предложения за повишаване в степен. В административно отношение единствено Секцията за праистория в АИМ приема и разглежда предложенията за разрешение за провеждане на археологически разкопки на специалистите по праистория в цялата страна.