Секцията за тракийска археология е формирана в началото на 80-те години на ХХ в., като резултат от нарастващото значение на познанието, свързано с културата на тракийските племена. Първият ръководител на секцията е ст. н.с. д-р Мария Чичикова – изтъкнат специалист и основоположник на редица проблемни кръгове в тракийската археология. През последното десетилетие ръководители са били ст. н.с. д-р Диана Гергова, ст. н.с д-р Георги Китов, специалисти в областта на тракийската погребална обредност през късната желязна епоха, и ст. н.с д-р Иван Панайотов специалист в областта на металургията и погребалните обреди през бронзовата епоха. В момента ръководната длъжност се заема от ст. н.с д-р Стефан Александров, специалист в областта на керамиката и изделията от благородни метали през бронзовата епоха.

Основните изследователски теми, по които работят членовете на секцията, са свързани с проучванията на тракийската култура в българските земи през бронзовата и желязната епохи, етнокултурната характеристика на Древна Тракия, както и с етногенезиса на траките и техните културни взаимодействия със съседните етноси.

Членове на Секцията за тракийска археология преподават в Софийския университет “Св. Климент Охридски”, в Нов български университет и Великотърновския университет “Св. св. Кирил и Методий”.