Така до отделянето на Музея от библиотеката сбирката наброява 343 паметника, вписани под 165 инвентарни номера. Освен археологически паметници, се събират етнографски, палеонтологични, художествени предмети. Описанието им често е толкова общо и неясно, че днес е невъзможно идентифицирането на някои от скромните 14 каменни паметници. С отделянето на Музея от библиотеката започва същинската история на институцията и на всички сбирки в нея. Свидетелство за широката обществена подкрепа за попълването на сбирката е обстоятелството, че първото частно писмо, заведено в канцеларията на Музея, още на 26 април 1892 г., е от учител от Никополското трикласно училище, в което той съобщава за намерени в Левски латински надписи, с едничката според него цел “да се открие нещо интересно за отечеството ни”.
Обособен е Старовековен отдел, в който се събират предмети от праисторията до турското владичество. Първият му уредник е и първият директор на Музея Вацлав Добруски. За почти двете десетилетия, през които той ръководи институцията, колекцията от каменни паметници нараства до размер, съотносим с останалите европейски музеи. Постъпват първите антични паметници от редовни археологически разкопки. Сред тях се открояват 180 оброчни плочки от Асклепиона край Златна Панега, Ловешко; над 120 оброчни плочки от светилището на нимфите край Саладиново (сега Огняново), Пазарджишко и колекцията от римски статуи от Ескус (Гиген), Плевенско, които неизменно са част от постоянните експозиции на Музея; най-богатата в България колекция от официални надписи от Никополис ад Иструм (Никюп, Великотърновско), както и единични постъпления, едни от най-ценните и до днес: стелата на Анаксъндър от Аполония (Созопол) от началото на V в. пр. Хр. - една от осемте, запазени в света от този период; оброчна плочка от светилището на Херос-Аполон край Лозен (Диникли), Хасковско, с датировка, доказваща създаването на иконографска схема на Херос в тракийските земи и единственият декрет за основаване на тържища в провинция Тракия от Димитриево, Чирпанско.
През 1897 г. започват и първите системни проучвания на Преслав и Търново, което поставя началото и на обособения през 1908 г. Средновековен отдел, чийто пръв уредник до 1920 г. е Петър Мутафчиев. Оформя се колекцията от мраморни скулптирани плочи от двореца в Преслав и най-голямата колекция от раннохристиянски надгробни надписи от София, обогатена с паметници от Варна и Петрич.
Паметниците от Старовековния отдел стават основата и на първата постоянна експозиция на Музея, тържествено открита на 18 май 1905 г. Сред тях са фрагментът от фриз с изображения на Хермес, Зевс, Атина и Херакъл от разкопките на Никополис ад Иструм, Никюп, Великотърновско; многобройни статуи; архитектурни фрагменти.
През 1910 г. за уредник на Старовековния отдел и директор на Музея е назначен Богдан Филов. С неговото назначение настъпва нов етап в развитието на институцията. Предприета е първата обща инвентаризация на музейните предмети. Започва картотекирането им, съставени са нови инвентарни книги и са инвентирани паметници, които отдавна са в Музея, но не са записани. Към 1920 г., когато директор става Андрей Протич, единствено Старовековният отдел има фишове на всички паметници, съставени от Мария Бръчкова. Специално внимание е отделено на надписите като първостепенен извор за историята на българските земи. За тях се прави справка кои са инвентирани или погрешно инвентирани, колко са все още неиздадени. Това е в съответствие и с общото развитие на археологическите проучвания по това време, когато акцентът е върху класическата древност. Средновековният отдел има фишове за половината си колекция с акцент върху каменните паметници, тъй като постепенно вниманието към историята на българската държава се засилва.
Продължава и обогатяването на отделните сбирки чрез откупки, дарения и разкопки, въпреки огромните затруднения в работата на Музея, поради войните.
Като резултат от проведените през 1913 г. разкопки на светилището на Зевс и Хера край Копиловци, Кюстендилско, където са намерени над 160 оброчни плочки, Старовековният отдел съхранява паметниците от трите най-големи светилища в страната (заедно с Глава Панега и Саладиново).
Разраства се и Средновековният отдел, поради нарастналия обем на проучванията на старите български столици Преслав и Видин. Сбирката от епиграфски паметници (официални документи, издадени от държавната канцелария, свързани с важни моменти от историята - мирни договори между България и Византия, строителни надписи на първите български ханове и възпоменателни надписи) е наричана “каменната летопис на България”. В Средновековния отдел постъпват паметници от проучванията на няколко църкви и двете колекции - античната и средновековната - окончателно се оформят като най-големите и богати у нас и до днес.
През 1920 г. за кратко Мария Бръчкова, Александър Радославов и Георги Баласчев са назначени за уредници на Средновековния отдел, докато към края на годината го поема Кръстьо Миятев, заемал длъжността до 1945 г., последван от Вера Мавродинова, която е уредник до 1966 г.
До 1922 г. чрез откупки от частни лица, от редовни археологически разкопки или от случайни находки Средновековният фонд се разраства с 1300 паметника и се налага реорганизирането му в четири сбирки: епиграфска, архитектурно-пластична, дребна художествена индустрия и религиозна живопис.
По това време в Музея вече се съхраняват и някои от малкото известни надписи от времето на Втората българска държава: надписът за създаването на Батошевския манастир при управлението на Михаил Асен (1246-1251); двата надписа, свързани с управлението на Иван Александър.
Декоративната скулптура е представена с паметници от втората столица Велики Преслав. Някои паметници са оригинална интерпретация на наследени форми, мотиви и композиции като архитектурните детайли, в които са вмъкнати фигури на животни. Особено място в преславската скулптура заемат серията триизмерни животински фигури от църквата в местността Аврадака.
На 8 март 1919 г. за уредник на Старовековния отдел е назначен Иван Велков, който остава на този пост до края на 1937 г. Усилията на сътрудниците на Музея се съсредоточават в съставянето на археологическата карта на България, а и прекъсването на разкопките на античните градове има за резултат намаляването на постъпленията от антични каменни паметници. Предимно чрез откупки се оформя най-богатата колекция от надгробни плочи с портретни изображения от римската епоха от долината на Струма, наброяваща над 40 паметника. Постъпва и единственият паметник в света с изображение на подготовка за гладиаторски бой и единствената плоча-афиш за циркови игри.
През 1937-1939 г. уредник на Старовековния отдел става Христо Данов. Обогатяването на колекцията в този период не е толкова значително, но се извършва огромна работа по подреждането на каменните паметници в трите новоизградени лапидариума. За пръв път колекцията има достатъчно площ в хранилище. В общи линии се спазва подреждане по типа на паметниците, което се прави за пръв път в Музея. Така в северния лапидариум, близо до Българска народна банка, попадат повечето милиарни колони, архитектурните фрагменти и надгробните паметници с голям размер. В южния лапидариум остават паметниците с надписи, а в лапидариума под изложбената зала са прибрани оброчните плочки, арите и по-ценните надписи. Част от паметниците се пренасят и в хранилища в Съдебната палата, поради опасността от избухване на нова война. От 1945 до септември 1966 г. уредник на Старовековния отдел е Иван Венедиков. В този период настъпват многобройни промени в дейността на Музея в резултат на държавната политика, която е насочена към създаване на мрежа от местни музеи в страната, в които постъпват по-голямата част от паметниците, придобити при редовни или спасителни археологически разкопки. Това стеснява възможността за обогатяване на музейните фондове и дейността на самия Музей.
Все пак в музея постъпва колекцията от четиринадесет надгробни плочи от класическата и елинистическа епоха от Аполония (Созопол), от разкопките на некропола в м. Калфата, ръководени от Иван Венедиков. Продължават редовните археологически разкопки в няколко римски града и музеят се обогатява с единствената пластика с изображение на Хилас и нимфите от Ескус, Гиген, Плевенско, най-късният пряко датиран надпис от Сердика и единственият запазен надпис от Севтополис. В началото на 60-те години в Музея е проведена втората цялостна инвентаризация. Тя се прави, за да се установят загубите по време на войната. Изготвени са инвентаризационни описи по местонамиране на паметниците в отделните помещения на Музея. Като резултат от това инвентарните книги престават да бъдат основния отчетен документ на уредниците, разделянето на паметниците по тип престава да съществува и дори част от средновековните каменни паметници вече се съхраняват от уредника на Античния фонд, тъй като към момента на описването им са били в помещение с преобладаващи антични каменни паметници. Тези проблеми не са преодоляни и до днес.
Фондовик на колекцията каменни паметници (без тези, включени в постоянната експозиция, предадени на Мария Цвикева) става Янка Младенова (предшествана за кратко от Върбинка Найденова), която го съхранява до 1976 г. Попълненията на колекцията са малобройни и предимно чрез откупки. Част от средновековните каменни паметници се съхраняват от Вера Мавродинова, която също ги предава на Янка Младенова. Останалите продължават да бъдат част от Средновековния фонд, който първоначално се завежда от М. Цвикева, след това го поема Димитър Топтанов, следван от Венко Витски и от 2001 г. от Йордан Гатев.
През 1976 г. от Античния фонд бива отделена колекцията от каменни паметници и пръв фондовик на новообразуваната колекция до 2000 г. става Василка Герасимова-Томова. Откупките продължават да бъдат практически единствения начин за обогатяване на колекцията, въпреки че техният брой намалява чувствително. Инвентирани са и някои донесени по-рано паметници. Прави се картотека на гръцките и латински надписи, започва системното заснемане на паметниците и съставяне на топографска картотека, окончателно завършена през 2004 г.
През 2000 г. анахронизмът, създаден с инвентаризацията от началото на 60-те години е преодолян и двете сбирки от каменни паметници - античната и средновековената са събрани в една с фондовик Красимира Карадимитрова.
Завършено е сравняването на данните от инвентарните книги и описите на средновековната колекция. Работи се по съставяне на пълна фотографска документация на паметниците, която за античната колекция е в заключителния си етап.
През 2005 г. колекцията от каменни паметници на Музея наброява над 6500 антични и около 200 средновековни инвентарни единици.
Красимира Карадимитрова
