Отделянето на музейния отдел в самостоятелна институция с “нарочен персонал” става през 1892 г., а Указа на княз Фердинанд от 1 януари 1893 г. практически узаконява учреждението Народен музей, със самостоятелен бюджет и печат. С оформянето на Музея като самостоятелна институция, той започва да се освобождава от всичко, което не спада към неговия профил и организация. Материалите от природонаучната колекция са предадени на Университета, а останалите материали се групират в три сбирки: Старовековна, която включвала материали от праисторията, тракийски, гръцки, римски, византийски, български и турски находки; Нумизматична и Етнографска. Музеят получава сградата на Буюк джамия, за разполагане на бъдещата си експозиция. Пръв директор и организатор на Музея от 1892 до 1910 г. е чехът Вацлав Добруски, който завежда Старовековната и Средновековната сбирка, а също и художествените произведения от по-ново време. Италианецът Доменико Такела оглавява нумизматичните паметници, а Борис Дякович - етнографските. В подкрепа на комплектуването на сбирките на Музея са издадени редица нормативни актове - Указания към окръжните управители в страната за събиране на старини и за изпращането им в Народния музей, Временни правила за научни и книжовни предприятия (1888), Закон за издирвание на старини и за спомагане на научни и книжовни предприятия (1890). Тези разпоредби, които дават тласък в развитието на музейното дело и на археологията като наука, утвърждават държавното начало при изграждането на музейното дело в новосъздадената държава, и определят ръководната функция на Министерството на Народната просвета при извършване на археологически разкопки и при износ на старини извън страната. Тези документи спомагат за разкриването на паметниците, за утвърждаване на тяхната образователна и културна роля, и за утвърждаването на българското културно наследство. Така се продължава възрожденският идеал за обединение на всички земи, населявани от българи. В обстановка на политически и културен подем Музеят заема своето достойно място, и играе водеща роля в разкриване и съхраняване на паметниците. Само няколко години след обособяването на Музея като самостоятелна институция, по богатство и значимост той се нарежда трети по важност сред музеите на Балканите, след тези в Атина и Константинопол. Утвърждава се като важна институция не само за българите, но и за целия балкански регион. Музеят е официално открит за публика на 18 май 1905 г., в присъствието на княз Фердинанд, министри, и други лица със заслуги в българската история. Този факт е показателен за значението, което се отдава тогава на Музея. Задача в началния етап е да приберат всички движими паметници от територията на цялата страна, с активното съдействие на административните, военните, училищни и църковни власти. Успоредно с това започват и археологически разкопки, които имат за цел да обогатят музейните фондове и да осветлят историята и културата на България. Музеят ползва значителни бюджетни кредити за откупуване на старинни и художествени произведения, притежание на частни лица, като по този начин попълва фондовете си, и то най-вече самостоятелно обособените Нумизматичен и Етнографски. Последният до такава степен се разширява, че през 1906 г. заедно с архива на българското Възраждане се отделя като самостоятелен и поставя началото на Етнографския музей в София.
Обогатяване на сбирките, както и разширяването на изследователската дейност, налагат създаването на нова организация на работа и увеличаване на специалистите в Музея. Тези наложителни промени са решени с приетия през 1909 г. Закон за народното просвещение. В него Народният музей е определен като Народен археологически музей. Според чл. 374, Музеят има за задача “да събира и съхранява археологически паметници, ...монети, ...църковни старини, ...всички материали от странство, които имат каквато и да е връзка с историята, археологията и художеството на българските земи”, както и “да се грижи за запазване и поддържане на всички паметници и старини в България, които имат архитектурно-художествено значение”. С този Закон се определя и новото устройство на Музея, което според чл. 379 включва вече четири отдела: Старовековен, Средновековен, Нумизматичен и Художествен. За всеки отдел е предвиден уредник-специалист. Учреден е и Музеен комитет, в чиито заседания взимат участие и двама археолози, делегати на Министерството на просвещението. Документът определя задълженията на директора и уредниците, както и реда за ползване на музейните сбирки, от които “е свободен да се ползва безплатно всеки, без разлика на занятие, пол и народност по установения в музея ред”. Така и юридически е определен публичния характер на Народния археологически музей, достъпен за всеки член на обществото. С този закон фактически Музеят придобива статут на институция от първостепенно значение за страната в областта на културно-историческото наследство. През 1909 г. е утвърден и Временен правилник за Народния археологически музей. Активната дейност на Музея за попълване на музейните фондове е много успешна и когато първият му директор Вацлав Добруски напуска поста си, той предава на своя наследник Богдан Филов (1910-1920) богата колекция от археологически материали. По времето и на втория директор сбирките се попълват непрекъснато, като през 1912-1913 г. в тях е включено забележителното тракийско съкровище от Радювене, Ловешко. По това време музеят участва и в аукциони зад граница, и закупува изгодно различни антични паметници. Увеличаването броят на материалите във фондовете, налага и грижа за тяхното физическо състояние. През 1913 г. под ръководството на уредниците Рафаил Попов и Петър Мутафчиев е извършена първата обработка ”химическо препариране” на предмети, която дава добри резултати и надеждата, че тя ще бъде приложена върху всички нуждаещи се материали. За да може Музеят да изпълни своето предназначение не е достатъчно той да се ограничи само със събирането и запазването на паметниците в своите помещения. При липсата на други специализирани органи в България, музейното управление е принудено да поеме и грижата по запазване и изучаване на паметниците, които се намират извън Музея. Става дума най-вече за стари постройки, стара църковна живопис, които са от изключителна важност за българската история и култура и които не могат да бъдат оставени без специални грижи и внимание. По настояване на музейното управление през 1911 г. е гласуван специален Закон за старините. Според него към Музея в София се създава Служба по запазване и поддържане на старините. Тя се председателства от директора на Музея и включва още: уредници, Комисията за старините на Музея, директорите на Етнографския музей, на Народната библиотека, трима представители на Министерството на народното просвещение и трима делегати, избрани от археологическите дружества с уредени музеи. Решенията на тази комисия се утвърждават от Министъра на народното просвещение и имат меродавност по “всички принципни въпроси, които се отнасят до издирването, запазването и поддържането на старините”. Този нормативен акт, който е от изключителна важност за запазване на културно-историческото наследство на България, отново потвърждава първостепенната и решаваща роля на Музея във всички области, свързани с изучаването, опазването и представянето на старините. Огромните задачи, които се поставят пред Музея, налагат разширяване на неговия състав. Богдан Филов започва попълването на висшия музеен персонал, който обаче не е достатъчен. Причина за това са не толкова ограниченията наложени от бюджета, колкото липсата на достатъчно подготвени за работа в Музея лица. Този проблем Министерството на просвещението разрешава като изпраща временно в Музея свои стипендианти, учители от София и провинцията, които имат за задача да помогнат, и в същото време да се специализират в музейните дейности. Разрешаването на въпроса като цяло, според Богдан Филов, би могло да стане само ако има подготвени лица извън Музея и при нужда да се избира и попълва музейния персонал. Пак според него, Музеят би могъл да оправдае своето съществуване само ако извън него хората с отношение към старините бъдат привлечени и вземат дейно участие в решаване на задачите му. В изпълнение на тази идея той групира около Музея “всички научни сили в страната”, които да работят в областта на археологията. Филов превръща Музея в център на българските археологически проучвания, с което продължава утвърждаването му като научна и обществена институция от първостепенна важност в България. По негово време, благодарение на личната и международната му известност, Музеят активизира и разширява връзките си с подобни институции в чужбина. Богдан Филов пръв въвежда и традицията да се пишат публични отчети за дейността на Музея, като по този начин поставя началото на “публичната отчетност” в работата на първата по важност музейна институция в страната. Реализирането на всички задачи Музея осъществява в тясна връзка с Българското археологическо дружество, основано през 1901 г. То има за цел “да издирва, съхранява и изучава паметниците на миналото и да буди интерес за тях в народа”, подобни са и целите на музея. До началото на 20-те години на ХІХ в. Музея и Българското археологическо дружество са в тясно и непрекъснато сътрудничество. През 1920 г. на базата на Българското археологическо дружество, е създаден Българския археологически институт като самостоятелно научно учреждение и за негов пръв директор е назначен Богдан Филов.
От 1921 до 1928 г. директор на Музея е Андрей Протич. Той продължава традицията на публикуване на отчетите за дейността на тази институция. Според тях през 1920 г. Музеят има вече пет отдела: Предисторически с уредник Рафаил Попов, Старовековен с уредник Иван Велков, Средновековен начело с Кръстьо Миятев, Нумизматичен - с уредник Никола Мушмов и Художествен - с уредник Андрей Протич. Незаменима по онова време е помощта на членовете на Музейния комитет и делегатите на Министерство на просвещението Гаврил Кацаров, Йордан Иванов и Богдан Филов, при съставянето на нови инвентарни описи, картотеки, както и при пренареждането на фондовете и експозицията. По времето на Андрей Протич се прави и основно преустройство на експозицията (1921), активизира се и издателската дейност на Музея. Заедно с Българското археологическо дружество през 1926 г. и 1929 г. се провеждат специализирани курсове по археология и музейно дело, които имат за цел да повишат квалификацията на учители, уредници на музеи и музейни сбирки, и на любители с интерес към старините. Така Музеят продължава дейността си по обучението на кадри в областта на музейното дело и археологията за нуждите на цялата страна и фактически е единствената институция, която проявява грижа за професионалното израстване на музейните специалисти и археолози. Четвъртият директор на Музея е Гаврил Кацаров, който е начело на институцията през периода 1928-1929 г. Той е изявен български учен, който следва принципа за задължителното популяризиране на резултатите от археологическите разкопки и посочва необходимостта от ангажиране на държавата в археологическите проучвания в България. Гаврил Кацаров е първият директор на Музея, който започва организирането на временни изложби, като първата от тях е посветена на българските паметници.
Рафаил Попов е петият директор на Музея (1929-1938). Неговото име е свързано с развитието на праисторическите проучвания в България. Като член на Българското археологическо дружество и негов секретар, Рафаил Попов, също като своя предшественик Гаврил Кацаров, обръща особено внимание на популяризиране на миналото, на ситуирането на археологическите паметници спрямо околната среда, за да не се губи връзката между миналото и настоящето. Пример в това отношение е Мадара, където той работи години наред и допринася много за популяризирането на всички обекти, разкрити там.
В периода 1938-1944 г. директор на Музея е Иван Велков. През неговото управление към сградата на Буюк джамия са пристроени две крила, които дават възможност да се извърши второто голямо преустройство на експозицията на Музея, благодарение на което са изложени само ценните от художествено или историко-археологическо гледище старини. Започва сериозна консервация на материалите останали във фондовете. Непосредствено след войната - в края на 1944 г., Музеят е в особено тежко състояние. Сградата му е засегната от бомбардировките. Изгаря част от музейната документация, както и част от библиотечния фонд. Оредяват и научните издания на тази тематика. В тези условия е наложена обща промяна в структурите и организацията на работа на институциите, имащи отношение към археологическите проучвания. През 1948 г. от Музея е отделен художественият му отдел като самостоятелна институция, поставят се основите на Художествената галерия. Началото на промените за Музея съвпада с управлението на Никола Мавродинов (1944-1949). По негово време се образува новата институция Археологически институт с музей, която, според Закона за реорганизация на БАН, бива включена в системата на Българската академия на науките. Двете институции имат общ директор и научен съвет, както и общи задачи в археологическите проучвания и техните публикации. Музеят продължава да развива своята възпитателна и образователна дейност. Промени настъпват и в политиката за опазване на паметниците. През 1952 г. към Комитета за изкуство и култура е създадена специална служба, прераснала по-късно в Национален институт за паметниците на културата, който има грижата за консервацията и реставрацията на откритите при разкопки археологически паметници.
С обединението на двете институции - Музеят и Българското археологическо дружество, с отпадането на някои от функциите на Музея, ръководната роля поема Археологическия институт, като по този начин приоритет се дава на научно-изследователската работа в институцията.
Дочка Аладжова
Музеят като изследователски център
Освен собствените си задачи като музей и като единствен център за консервация и реставрация в страната, Археологическият музей има и водеща роля в теренните археологически проучвания. Материалите от тях обогатяват собствените му музейни фондове и експозиции.
В началото на ХХ в. Вацлав Добруски прави разкопки на римските градове Никополис ад Иструм и Ескус, както и на тракийското светилище на Асклепий до Глава Панега, Луковитско. Със Закона за старините от 1911 г. на Музея е възложено да работи върху археологическа карта на България, което, наред с другата дейност, неговите сътрудници изпълняват през следващите десетилетия. През 1910 и 1911 г. Богдан Филов ръководи разкопки около раннохристиянската църква Св. София в София, а през 1912 г. разкрива останките от богато украсен мавзолей от римската епоха край Лъджене, Ловешко. По това време Петър Мутафчиев и Атанас Чилингиров регистрират археологически обекти из страната, а Гаврил Кацаров прави малки разкопки на селищната могила Св. Кирилово, Старозагорско. През 1912 г. Рафаил Попов работи много интезивно - проучва праисторическия пласт на пещерата Моровица при Гложене, Ловешко, прави сондажи на селищната Денева могила при Салманово, Шуменско, разкопава и надгробни могили при Езерово, Първомайско, в една от които е намерен известният златен пръстен. Веднага след Балканските войни Петър Мутафчиев прави разкопки на голямата базилика край Пирдоп. През 1914 г. музейните специалисти са пак активни в теренната работа. Рафаил Попов проучва голям сондаж на селищната могила Коджадермен край Шумен, а Петър Мутафчиев разкопава кръстовидна църква при Клисекьой, Пирдопско. На следващата година Богдан Филов работи на църквата Св. Георги в София, а другите уредници правят малки разкопки и регистрират археологически паметници в Северна България. Интересни резултати носят разкопките на Гаврил Кацаров при Шаплъдере до Дедеагач в дн. Западна Тракия през 1916 г.
Първата световна война прекъсва за няколко години археологическите разкопки в страната. През 1920 г. уредниците регистрират паметници и проучват средновековна църковна архитектура. Наред с това, през 1921 г. Рафаил Попов ръководи краткотрайни разкопки на селищната могила до Русе, както и на надгробни могили във Врачанско, а Иван Велков проучва раннохристиянска базилика в Хисаря и надгробни могили при Байлово, Софийско. Между 1922 и 1925 г. Музеят осъществява няколко по-големи проекта. В два сезона Васил Миков разкопава част от селищната могила до Кубрат. Рафаил Попов проучва тракийски могилен некропол до Влашко село, Врачанско и прави сондажи в палеолитния пласт на Темната дупка до Карлуково, Луковитско. Значително внимание е отделено на разкопки в района на скалния релеф при Мадара, Шуменско, ръководени от Рафаил Попов, Гаврил Кацаров и Иван Велков. Теренната изследователска дейност на Музея през периода 1926-1931 г. е насочена към Мадара и Преслав. Разкопките в района на Мадара са ръководени от Рафаил Попов с участието през различни години на Кръстьо Миятев, Иван Велков, Васил Миков. Кръстьо Миятев, заедно с Юрдан Господинов, прави сондажни проучвания в Преслав. Рафаил Попов разкопава и две надгробни могили край Ендже, Шуменско. През 1930 г. започват разкопките на Кръстьо Миятев в Плиска, които продължават през цялото десетилетие. През периода 1932-1934 г. теренната работа на уредниците се активизира в различни части на страната. Рафаил Попов продължава изследванията в района на Мадара. Васил Миков проучва долмените в Сакар, прави сондажи на неолитното селище Мурсалево, Дупнишко, разкопава надгробни могили в Шуменско. Иван Велков ръководи разкопките на могилния некропол около Брезово, Пловдивско, проучва антични крепости при Баткун, Пазарджишко и Садовец, Луковитско. Никола Мавродинов проучва средновековна църква до Лютиброд, Врачанско и след това консервира останките. Александър Рашенов ръководи разкопките на новооткрита римска баня в Кюстендил, както и на част от крепостната стена на Сердика. През 1935 г. Васил Миков прави голям сондаж на селищната могила Веселиново, Ямболско, през 1936 г. събира първите находки от селищната могила Караново, Новозагорско, а през 1939 г. прави разкопки на селищните могили Завет, Карнобатско и Юнаците, Пазарджишко. През 1942 г. Васил Миков проучва могилния некропол при Татарево, Хасковско, а Иванка Акрабова участва в италианските разкопки на Ескус при Гиген, Плевенско.
След Втората световна война теренната изследователска дейност на музейните специалисти се активизира. Васил Миков проучва през 1945 г. станалото по-късно епонимно селище от ранната бронзова епоха при Михалич, Свиленградско, а през следващата 1946 г. разкопава сондажи в друг бъдещ епоним - халколитното селище Криводол, Врачанско. Пак през 1946 г. той подновява донеслите международна известност на българската праисторическа наука разкопки на селищната могила Караново, Новозагорско, а от следващата година той и Георги И. Георгиев разгръщат проучвания на широка площ. През същата година Георги И. Георгиев прави сондажи на халколитната селищна могила при Колена, Старозагорско, а от 1948 г. започва мащабни проучвания на Русенската селищна могила. През 1945-1949 г. Никола Мавродинов, Стамен Михайлов и Станчо Ваклинов предприемат разкопки на многобройни обекти в Плиска, а Вера Иванова, Станчо Ваклинов и Иванка Акрабова правят интензивни проучвания в Преслав. През 1948-1949 г. Стамен Михайлов и Станчо Ваклинов изследват ранносредновековния некропол при Нови пазар. През 1946 г. Иван Венедиков и Теофил Иванов разкопават широка площ от некропола на Аполония край Созопол. През 1947 г. Теофил Иванов подновява проучванията на римския град Ескус при Гиген, Плевенско; разкопките продължават и през следващите години.
Активната теренна работа на музейните уредници по правило завършва със статии - предимно в Годишника на Народния музей или по-късно в Разкопки и проучвания, но също и с монографични трудове. Съдържащата се в тях информация продължава да се използва.
Васил Николов