На 28 февруари 2011 г. на доц. д-р Маргарита Ваклинова бе присъдена Съвместна специална награда на Министерството на културата и Министерството на образованието, младежта и науката в областта на археологията от наградите за Наука „Питагор” за 2010 година за цялостен принос в опазването на културното наследство на страната.